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제29조(집행간부 등)
①금융감독원에 원장 1인, 부원장 4인 이내, 부원장보 9인 이내와 감사 1인을 둔다.
②금융감독위원회 위원장은 금융감독원의 원장(이하 "원장"이라 한다)을 겸임한다.
③금융감독원의 부원장과 부원장보(이하 "부원장·부원장보"라 한다)는 원장의 제청으로 금융감독위원회가 임명한다.
④감사는 금융감독위원회의 제청으로 대통령이 임명한다.
⑤부원장·부원장보 및 감사의 임기는 3년으로 하며, 1차에 한하여 연임할 수 있다.
⑥부원장·부원장보와 감사에 궐원이 있는 때에는 새로 임명하되, 그 임기는 임명된 날부터 기산한다.

부칙 [1997.12.31 제5490호]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 4월1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제4항 내지 제9항의 규정은 공포한 날부터 시행하고, 이 법에 별도의 규정이 없는 한 제3장 제1절·제2절·제4절 및 제5절의 규정은 1999년중 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.
제2조 (금융감독원의 권한과 업무에 관한 경과조치) ①제37조의 규정에 의한 금융감독원의 업무는 금융감독원이 설립될 때까지 부칙 제3조의 규정에 의하여 설립된 은행감독원·이 법 시행당시 종전의 증권거래법에 의한 증권감독원·보험업법에 의한 보험감독원 및 신용관리 기금법에 의한 신용관리기금(이하 "은행감독원등"이라 한다)이 각각 이를 수행한다. 이 경우 이 법 또는 다른 법령에서 금융감독원 및 금융감독원장은 금융감독원이 설립될 때까지 각각 종전의 법률에 의한 은행감독원등이나 은행감독원장·증권감독원장·보험감독원장 또는 신용관리기금이사장(이하 "은행감독원장등"이라 한다)으로 본다.
②제1항의 규정에 의하여 은행감독원등의 검사를 받는 기관은 다음 각호와 같다.
1. 은행감독원의 경우에는 제38조제1호·제8호·제11호 내지 제13호의 기관
2. 증권감독원의 경우에는 제38조제2호·제3호 및 제10호의 기관
3. 보험감독원의 경우에는 제38조제4호의 기관
4. 신용관리기금의 경우에는 제38조제5호 내지 제7호 및 제9호의 기관
③은행감독원등은 제38조제14호 및 제15호의 기관에 대하여 금융감독위원회가 정하는 바에 따라 검사업무를 각각 수행한다.
④금융감독위원회는 필요하다고 인정하는 경우 제2항 및 제3항의 규정에 불구하고 은행감독원등의 검사대상기관을 조정할 수 있다.
⑤제28조 및 제68조제2항의 규정은 금융감독원이 설립될 때까지 은행감독원등의 유사명칭사용금지 및 그 처벌에 관하여 각각 이를 준용한다.
제3조 (은행감독원의 설립) ①금융감독원이 설립될 때까지 부칙 제2조제2항제1호의 기관에 대한 검사·감독등의 업무를 수행하게 하기 위하여 은행감독원을 설립한다.
②은행감독원은 무자본특수법인으로 한다.
③은행감독원은 종전의 한국은행법에 의한 한국은행은행감독원의 원장·부원장·부원장보및 직원의 고용관계등 모든 권리·의무를 포괄승계한다.
④재정경제원장관은 한국은행은행감독원장으로 하여금 이 법 공포일부터 30일 이내에 10인의 설립위원을 위촉하여 설립위원회를 구성하게 하고, 은행감독원의 설립에 관한 사무를 처리하게 한다.
⑤설립위원회는 은행감독원의 정관을 작성하여 재정경제원장관의 인가를 받아야 한다.
⑥설립위원회는 제5항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 설립위원의 연명으로 설립등기를 하여야 한다.
⑦설립위원회는 제6항의 규정에 의한 설립등기를 완료한 때에는 그 사무와 재산을 은행감독위원장에게 인계하여야 한다.
⑧설립위원은 제7항의 규정에 의한 사무와 재산의 인계가 끝난 때에 해촉된 것으로 본다.
⑨은행감독원을 설립하는데 소요되는 비용은 한국은행이 부담한다.
⑩제25조 내지 제27조의 규정은 은행감독원의 정관·등기에 관하여 이를 준용한다.
제4조 (은행감독원등의 예산) ①은행감독원은 다음 각호의 재원으로 예산에 소요되는 경비를 충당한다.
1. 한국은행의 출연금
2. 부칙 제2조제2항제1호의 기관의 출연금 및 분담금
②신용관리기금은 다음 각호의 재원으로 예산에 소요되는 경비를 충당한다.
1. 예금자보호법에 의한 예금보험공사의 출연금
2. 부칙 제2조제2항제4호의 기관의 출연금 및 분담금
③증권감독원 및 보험감독원의 예산에 소요되는 경비는 종전의 증권거래법·보험업법의 규정이 정하는 바에 따라 충당한다.
④한국은행·예금보험공사 및 부칙 제2조제2항제1호 및 제4호의 기관은 제45조제1항의 규정에 따라 정해진 출연금을 회계연도 개시일까지 은행감독원 및 신용관리기금에 출연하여야 한다.
⑤제1항 내지 제3항의 규정에 의한 분담금의 분담요율·한도 기타 분담금의 납부에 관하여 필요한 사항은 금융감독원이 설립될 때까지 금융감독위원회가 정한다.
제5조 (분쟁조정에 관한 경과조치) ①금융감독원이 설립될 때까지 은행감독원등에 분쟁조정을 신청하는 경우에는 종전의 은행법·증권거래법 및 보험업법의 분쟁조정절차에 따른다.
②금융감독원 설립당시에 종전의 은행법·증권거래법 및 보험업법의 규정에 의하여 은행감독원등에 분쟁조정을 신청한 것은 이 법에 의하여 조정위원회에 대하여 분쟁조정을 신청한 것으로 본다.
제6조 (고용관계등의 승계) ①금융감독원은 그 설립과 동시에 은행감독원등의 직원의 고용관계등 모든 권리·의무와 재산을 포괄승계한다.
②직원의 처우 기타 복무관계를 결정함에 있어서는 각 직원의 경력·능력 및 근속연수등을 고려하여 형평이 유지되도록 하여야 한다.
제7조 (금융감독원의 설립) ①금융감독위원회는 대통령령이 정하는 때에 10인이내의 설립위원을 위촉하여 설립위원회를 구성하고, 금융감독원의 설립에 관한 사무를 처리하게 한다.
②설립위원회는 금융감독원의 정관을 작성하여 금융감독위원회의 인가를 받아야 한다.
③설립위원회는 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연명으로 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원회는 제3항의 규정에 의한 설립등기를 완료한 때에는 그 사무와 재산을 이 법에의하여 임명된 금융감독원장에게 인계하여야 한다.
⑤설립위원은 제4항의 규정에 의한 사무와 재산의 인계가 끝난 때에 해촉된 것으로 본다.
⑥설립비용은 은행감독원등이 공동으로 부담한다.

부칙(정부조직법) <제5982호,1999.5.24>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <37>생략
<38>금융감독기구의설치등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제1호중 "재정경제원차관"을 "재정경제부차관"으로 한다.
제4장제3절의 제목중 "재정경제원"을 "재정경제부"로 한다.
제4조제1항제4호·동조제2항 및 제65조 전단중 "재정경제원장관"을 각각 "재정경제부장관"으로 한다.
제15조의 제목 "(조직·규칙)"을 "(조직등)"으로 하고, 동조제1항을 다음과 같이 하며, 동조제2항을 삭제한다.
①금융감독위원회의 조직 및 정원에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제17조에 제1호의2를 다음과 같이 신설한다.
1의2. 금융기관의 설립, 합병, 전환, 영업양수·도등의 인·허가
제64조를 삭제한다.
제64조의2를 다음과 같이 신설한다.
제64조의2 (금융감독 관계법령의 협의) 재정경제부장관은 금융감독에 관련되는 법령을 제정 또는 개정하고자 하는 경우에는 금융감독위원회와 협의하여야 한다.
<39>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 [1999.9.7 제6018호(농업협동조합법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제17조 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤금융감독기구의설치등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제38조제11호를 다음과 같이 하고, 동조제13호를 삭제한다.
11. 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회의 신용사업부문
⑥및 ⑦생략
제19조 내지 제21조 생략

부칙 [2000.1.28 제6256호(수산업협동조합법)]
제1조 (시행일) ①이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
②생략
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①생략
②금융감독기구의설치등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제38조제12호를 다음과 같이 한다.
12. 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합중앙회의 신용사업부문
③및 ④생략
제13조 및 제14조 생략

부칙 [2001.3.28 제6429호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 2년을 넘지 아니하는 범위내에서 대통령령이 정하는 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제9조 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ①금융감독기구의설치등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제38조제6호를 다음과 같이 한다.
6. 상호저축은행법에 의한 상호저축은행과 그 중앙회
②및 ⑪생략
제11조 생략

부칙 [2003.10.4 제6987호(간접투자자산운용업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제19조 생략
제20조 (다른 법령의 개정) ①생략
②금융감독기구의설치등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제38조제2호중 "증권금융회사·투자자문회사"를 "증권금융회사"로 하고, 동조 제3호를 다음과 같이 한다.
3. 간접투자자산운용업법에 의한 자산운용회사 및 투자자문회사
③생략

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 <18>생략
<19>김융감독기구의설치등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조제3호중 "파산자"를 "파산선고를 받은 자"로 한다.
<20>내지 <145>생략
제6조 생략

부칙 [2005.12.29 제7796호(국가공무원법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <17> 생략
<18>김융감독기구의설치등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제4항중 “1급상당 별정직 국가공무원”을 “고위공무원단에 속하는 별정직공무원”으로 한다.
제20조제2항제1호중 “2급 이상의 공무원”을 “2급 이상의 공무원 또는 고위공무원단에 속하는 일반직공무원”으로 하고, 동조제3항중 “1급상당 별정직 국가공무원”을 “고위공무원단에 속하는 별정직공무원”으로 한다.
<19> 내지 <68> 생략